Με τη σταδιακή αποδόμηση του μεσαιωνικού συστήματος από τον 13ο αιώνα και εντεύθεν, έως και την αυγή της Αναγεννησιακής εποχής, εκδηλώνονται στοχαστικές σκέψεις που γονιμοποιούν με τη μυστικιστική, αλχημιστική και παγανιστική τους έμπνευση και διάθεση τη διαλεκτική της χριστανικής θεολογίας. Η ιεραρχική δομή του αρχαίου και χριστιανικού φυσικού σύμπαντος και ο μεταφυσικός δυϊσμός, ανατρέπονται με τη μονιστική φυσική φιλοσοφία και την υλιστική μεταφυσική της Αναγέννησης.